妊娠5周时出现褐色分泌物可能是宫腔内出血异常引起的。
引起妊娠早期宫腔内出血异常的病因，大多考虑为妊娠后内分泌功能紊乱，使机体孕激素含量不足，或染色体异常引起胚胎发育异常，病毒感染，性生活刺激，剧烈运动，烟酒刺激引起胚胎发育异常。除此之外，还可因宫颈糜烂、宫颈息肉、子宫内膜炎而导致出血不正常。建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
怀孕五周有褐色分泌物分生理性原因和病理性原因两种。首先，如果在孕5周出现褐色分泌物，伴有一侧小腹轻微刺痛，很有可能为受精卵着床出血，这种出血一般在1-2天就会消失，出血颜色为淡粉色或者褐色，为正常现象，不用担心；但是如果出现褐色分泌物伴有小腹部疼痛不减的情况，也考虑为先兆流产。
如果孕四个月内阴道有褐色分泌物，通常是少量出血导致的，可能是先兆流产、生化妊娠、异位妊娠、月经不调等原因引起的。孕妇首先需要去正规的医院进行检查，抽血化验孕酮值和绒毛膜促性腺激素hcg，必要的时候可以结合B超检查来明确病因。如果确定怀孕了，建议卧床休息，观察出血量和持续时间，如果有必要的话可以考虑保胎。
怀孕六周有褐色分泌物可能是多种原因导致的，具体分析如下：
怀孕6周出现阴道棕色的分泌物，很有可能是由于子宫内有少量的出血，但是出血量很小，无法形成血流，因此会随着白带和其它的分泌物从阴道中排出。怀孕头三个月是容易发生流产的季节，出现阴道出血或血性白带是流产的主要特点，如果在怀孕期间出现阴道有不明的异常分泌物，要及时就医。
怀孕12周有褐色分泌物可能是阴道炎等妇科炎症的原因，也可能是先兆性流产。
怀孕后身体的免疫功能会降低，增加病毒感染的风险，从而引起阴道炎等妇科炎症，出现怀孕12周有褐色分泌物的情况，但如果过度劳累，胚胎发育不稳定，导致先兆性流产，也容易出现有褐色分泌物的现象。
通常需要及时到医院做腹部彩超检查，避免是先兆性流产的因素。
怀孕5周的时候出现有褐色分泌物，这需要注意观察看看有没有肚子疼痛，如果有肚子疼痛伴随有褐色分泌物，这考虑是有先兆流产的可能性。如果没有肚子疼痛，出现褐色分泌物，而且分泌物带有异味，那就考虑是有炎症感染引起来的，如果有阴道炎，宫颈炎或者宫颈糜烂的时候，会出现有褐色分泌物的症状。