流产出来的胚胎会放入专用的医疗垃圾袋里，送到专门的地方销毁。
女性在做完流产手术后，需要多注意休息，不用担心流产后的胚胎，医生会进行处理。术后一个月内不得进行性生活，保持良好心态，不要剧烈运动，可以多吃一些有营养的食物来促进身体恢复。术后15天左右就可以前往医院复查，排除宫腔内存有残留物的情况，如果有残留物，还需要再次进行清宫处理。
流产后的小胚胎通常会当做医疗废物进行处理，基本上会有特殊的治疗渠道。如果强烈要求把它带走，也可以把它带走处理并埋葬。如果自己不处理，通常会遵循医疗废物处理的统一标准。
流产出来的孕囊的处理方法如下：
患者把流产的组织带到医院，让医生检查是否为怀孕妊娠物，再交由医院处理。流产后孕妇应放松心情，注意休息，合理饮食，不吃凉性、生冷、刺激性的食物。应注意个人卫生，一个月内禁止盆浴及性生活，避免发生感染。流产后一周，患者应到医院复诊，确认流产已完全。如果血停的话，可以下次月经后进行复查，及时的到医院进行清宫处理。
不好的胚胎一般会在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。
如果存在女性卵泡质量不佳，或者男性精子质量异常的情况，在怀孕之后，胚胎的质量可能就不是很好。而胚胎的质量不好，就容易导致在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。还有的的会在怀孕的8至10周左右出现胚胎停止发育的情况。所以在怀孕之后，应该定期进行产检，明确胎儿的发育情况，出现异常后积极进行治疗。
流产胎儿的处理方法如下：
如果是在家里流产的情况下，做深部的掩埋，一定是非常深，不至于被动物将尸体挖出，对人们产生恐惧的心理。如果是在医院，医院会将流产的胎儿集中起来，然后进行焚烧，不会造成空气的污染，不会对社会造成影响，对环境也起到保护性的作用。如果孕妇本身患有传染病的情况，胎儿应交于医院进行火化，避免出现传染病传播的情况出现。
自己流产了可以采取就医治疗、日常护理等方式进行治疗，缓解相关症状。具体内容如下：
1.就医治疗：自己流产了可能是精神压力大、过度疲劳等因素导致的，患者可以及时前往正规医院，通过清宫术进行治疗，避免宫腔内残留妊娠物，导致情况始终难以恢复。
2.日常护理：患者还要做好日常护理，勤洗勤换内裤，注意外阴部的清洁卫生。