抗感染治疗。男人有输精管堵塞若是由于生殖道感染引起的，此时在治疗上需要进行的就是抗感染治疗，抗感染治疗可以帮助男性及时控制炎症，帮助水肿的消退，只要治疗好了相应疾病之后，就可以恢复输精管恢复通畅。输精管附睾吻合术。进行手术治疗的工作，可以进行的手术就是输精管附睾吻合术，如梗阻输精管可进行的就是梗阻段切除，然后进行输精管端吻合术，治疗之后就可以而恢复输精管通畅。人工精液囊。
对于先天性梗阻的原因引起的输精管堵塞，很多时候是由于先天性输精管缺如或闭塞以及先天性附睾发育不良等造成的输精管堵塞，对于这类的输精管堵塞的治疗需要靠输精管再造手术才可以，需要切开畸形的部位，然后用先进的治疗方法恢复输精管通畅。
治疗输精管堵塞关键要看具体病因，不同的原因会有不同的治疗方法，分情况而论，可采用不同的手术方法来解决问题，积极配合治疗还是有希望的。到具有不孕不育专科医院进行全面的检查，医生会根据病情给予针对性的治疗。
得了轻微输精管堵塞，如果没有生育要求，可以不用医治。但是如果有生育要求，甚至在备孕期间，是需要及时医治的，轻微输精管堵塞会导致不育，因为男性的精子不能通过输精管被排出，而是停留在了输精管堵塞的部位，就会使得精子不可能和卵子相遇形成受精卵了，而没有受精卵就更别提生育了。
输精管堵塞不是一个独立的疾病，而是多种疾病造成的一种症状。治疗时首先应针对原发病治疗，抗炎、抗痨、抗肿瘤等，亦可将堵塞处切除后进行断端吻合，也可以采用中医疗法，用中药来调节。
不会自然自愈。会引起无精症导致不孕症的发生。可以做一下输精管通液术，如果输精管经过通液术治疗以后通畅了，化验精液常规显示有精子活力正常，就可以正常备孕了。