体外碎石的危害主要是会出现肉眼血尿，膀胱刺激症以及肾绞痛等。另外也可能会出现肾包膜下血肿，极少数严重的可能出现肾破裂。甚至会对输尿管造成损伤，有导致肾萎缩的潜在风险。
主要就是肾脏的损伤。这一般都是因为结石体积比较大，直径超过两厘米、质地比较硬、多次碎石导致的；另外就是肾脏碎石后出血，这一般是因为反复多次碎石，两次碎石时间相隔太短，少于两周导致的；最严重的危害就是感染，这一般是因为结石本身已经导致梗阻，肾脏有感染，碎石导致细菌入血，引起败血症、脓毒血症问题，严重的有生命危险。
多饮水，可以尽快缓解碎石后的肉眼血尿，并有利于结石的排出。碎石后每次排出的尿液应尽量用容器收集，以便观察是否有结石排出，一般最早排出的结石是像沙粒样碎石，需将尿液沉淀后可见。后期才排出稍大颗粒的结石，注意保留排出的结石，进行结石成份分析，以指导今后的饮食，预防复发。
长期的体外冲击波碎石可能造成输尿管粘连或者肾脏纤维化，造成肾功能损害或者输尿管狭窄、粘连等。同一部位反复碎石有可能造成输尿管损伤或肾脏损伤，患者出现肉眼血尿或者腹痛症状。体外冲击波治疗较大的结石，可能会产生石阶，导致患者输尿管完全梗阻。体外冲击波碎石治疗时可能因随呼吸活动而定位不准。
肾结石是泌尿系统比较常见的疾病，肾结石体外碎石的禁忌症，主要包括以下几点。
首先，对于肾结石较大的病人，无法进行体外碎石，如果输尿管有狭窄或阻塞性病变，则无法进行体外碎石，因为在体外碎石后，结石无法从输尿管中排出。还有一些病人，心脏方面的问题比较严重，这也是禁止使用体外碎石的。肾结石的治疗，一般都是针对体积不大，没有阻塞，输尿管无阻塞的病人。
左肾输尿管结石能做体外碎石。体外碎石的坏处是如果碎下来的石头过大容易卡在下面的狭窄处，不容易被排出来。术后需要口服消炎药，减轻炎症、再者要多喝水，有利于结石排出。