通过尿道插入输尿管软镜进入膀胱，在膀胱中通过患侧输尿管膀胱开口部位，插入软镜到结石肾一侧的输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，使用钬激光对肾盂中的结石进行碎石，冲洗出粉碎的结石后退镜。
一般三天左右住院，手术半小时左右。体外冲击波碎石术是治疗输尿管结石最合适的方法。如果碎石术失败或在碎石机上看不到结石，可用输尿管插管或输尿管镜碎石术进行碎石术。输尿管镜有软镜和硬镜，激光或超声碎石术。手术效果很好。术后将支架置入输尿管1个月。
肾结石输尿管软镜手术的风险主要是有可能会出现泌尿系统感染的情况，甚至进一步发展出现脓毒血症，另外有可能会对输尿管黏膜造成撕脱或损伤，另外也有会导致输尿管狭窄的风险。
一般情况下，输尿管软镜治疗肾结石的方法是：经尿道经输尿管软镜进入膀胱，经患侧输尿管膀胱开口处插入软镜至结石肾一侧输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，用钬激光碎石清除结石，取出碎石后退镜；采用膀胱镜将“双J管”插入输尿管，以保证输尿管的通畅，防止残余结石堵塞输尿管。输尿管软镜碎石对于小于2cm的肾结石有很好的效果，但是对于太大的结石，可能效果不是很理想。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法如下：提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道；通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄；术后观察结石清除率，若排出彻底，可在一月后拔出输尿管支架管，若仍有残余结石，需依据病情评估，选择合适治疗方案。
肾结石输尿管软镜手术通过自然腔道，即尿道进入一根非常纤细、柔软的镜子，这根镜子称之为输尿管软镜。镜子由尿道进入膀胱后，找到患有结石侧的输尿管开口，镜体进入输尿管后直达肾脏内。