引起闭经的器质性病变进行及时恰当的治疗：如生殖道结核应予抗结核治疗；垂体肿瘤可行手术治疗；宫颈、宫腔粘连者行扩张宫颈、分离粘连术，人流造成的闭经久治不愈者，可放置宫内节育器。
闭经只是个现象，有多种疾病会引起闭经，如果不查清病因，盲目用激素（避孕药是激素）“调理”就会使本来已经紊乱的内分泌，雪上加霜，更加紊乱，停药后也无疑会复发，因为病因没除去，月经来潮只是一种外源激素强迫的假相。如果是垂体或卵巢肿瘤引起的月经乱用激素，会延误诊治，后果严重。
闭经的治疗方法有很多，对青春期性幼稚及成人低雌激素血症导致的闭经，可以雌激素或孕激素治疗；于垂体肿瘤、卵巢肿瘤、生殖道畸形等原因引起的闭经，可以手术治疗；过度节食、消瘦所致的闭经，调整饮食加强营养；动性闭经，应适当减少运动量，调整训练强度。
中医治疗闭经主要采用辨证治疗的方法进行，可分为气血不足、肝肾阴虚、气滞血瘀、寒凝血瘀、痰湿阻滞来进行治疗。日后，要少吃辛辣食物，多喝水，保持良好的心理状态，多出去外面走走。
闭经大部分是因为内分泌水平紊乱造成的，治疗闭经问题需要改善卵巢功能。建议通过中药进行调理，结合饮食疗法，长期治疗，才能够有效的改善闭经问题。疗期间也要注意局部的卫生情况，有利于病情的恢复。