可以采用手术治疗方法，良性卵巢囊肿的手术治疗，卵巢囊肿切除术，尤其是绝经前多采用此种术式，输卵管卵巢切除术，适用年龄较大或绝经后的，恶性卵巢囊肿的手术治疗，多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
卵巢组织成分非常复杂，是全身各脏器原发肿瘤类型最多的器官。同时卵巢也是胃肠道恶性肿瘤，乳腺癌，子宫内膜癌等的常见转移部位。最常见的卵巢囊肿为上皮性肿瘤，来源于卵巢表面的生发上皮，晚上发上皮来自原始的体腔上地，具有分化为各种苗勒管上皮的潜能。
遗传因素是患病的原因之一，临床上很多卵巢囊肿患者和多囊卵巢综合征患者的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。
卵巢囊肿与女性长期的饮食结构密切相关，如带有激素成分的家禽。以及部分女性滥用诸如丰乳、减肥、缓解衰老等的激素类药物和滋补品，使卵巢囊肿呈高发性、年轻化发展趋势。生活习惯不好、心理压力过大等因素。
生理性的卵巢囊肿多是因为内分泌失调引起的黄体囊肿或是卵泡不破裂等疾病引起的。病理性的卵巢囊肿可以分为普通的卵巢囊肿以及巧克力囊肿，囊肿原因有内分泌失调或者是长期炎症刺激，如果是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症或者是炎症刺激引起的。
环境和内分泌影响在卵巢囊肿致病因素中最受重视。卵巢囊肿可能与内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、排卵机能受到破坏有关。畸胎瘤是卵巢生殖细胞肿瘤中常见的一种，是生长在卵巢组织中由生殖细胞异常增生、集聚形成的肿瘤。