这两种病完全不一样。卵巢囊肿是指检查彩超的时候，发现卵巢上有囊性暗区，而且囊肿边界清晰，不会引起月经周期以及月经量的改变。而多囊卵巢是指检查彩超的时候，发现卵巢上有2到9毫米的小卵泡，数量在12个以上，所以称之为多囊卵巢。
多囊卵巢综合征临床表现为月经稀发或闭经、不孕、多毛、痤疮、肥胖、脱发、黑棘皮症等。卵巢囊肿指发生于卵巢内部囊内充满液体或半液体物质且具有薄壁的一种囊状组织结构，卵巢囊肿一般没有症状，常于彩超检查时发现。
多囊卵巢综合症和卵巢囊肿是有区别的，多囊卵巢综合症最显著的特征是无排卵。由于没有排卵，所以卵巢只分泌雌激素和雄激素，而不分泌孕激素。雌激素刺激子宫内膜增生。而孕激素使子宫内膜发生分泌反应。卵巢囊肿属广义上的卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20～50岁最多见。卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态。
多囊卵巢综合征属于内分泌疾病，主要表现为月经稀发或者闭经，彩超检查可见卵巢呈多囊样改变，有很多直径小于一厘米小卵泡，或者是有卵巢体积比较大。激素六项雄激素水平高。卵巢囊肿在超声上表现为大的无回声，至少是两厘米以上的囊性肿物。可以是生理性的，也可以是病理性的。生理性囊肿月经干净之后可能会自行消失。
引起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%有家族史；内分泌因素，临床上很多基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果；此外还有生活方式因素以及环境因素。
多囊卵巢和卵巢囊肿相比，多囊卵巢更为严重。是因为多囊卵巢属于内分泌疾病，常常是由于遗传因素和环境因素相互作用导致的，由于卵泡不能正常生长发育和排出，因此就会导致女性出现月经失调、面部痤疮，甚至肥胖等其他并发症，还可能影响女性的生育功能。卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也可能是普通的卵巢囊肿，或者是子宫内膜异位症导致的卵巢巧克力囊肿这些疾病通过手术治疗以后往往都可以治愈，而且不容易影响女性正常受孕。