巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
通常情况下，巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症。
是指子宫内膜与卵巢发生异位所引起的一种囊肿。子宫腔内的内膜剥脱后呈暗红色，像是巧克力，这种情况出现在卵巢上，称为巧克力状卵巢囊肿。巧克力卵巢囊肿属于双侧，女性在月经期间会有左右下腹疼痛，这是痛经的症状。如果卵巢巧克力囊肿比较小，疼痛比较轻微，可以通过适当的镇痛来减轻；如果是巧克力性卵巢囊肿比较大，可能会出现蒂扭转，但术后很可能会出现复发。
部分巧克力卵巢囊肿是无症状的，只有在囊肿较大时会有下腹不适或者可自腹部摸到腹部包块，伴随扭转或者破裂时会有疼痛。大部分的巧克力卵巢囊肿都是去医院进行超声检查时发现。孕早期囊肿较大，注意休息，避免经常弯腰活动，以防囊肿扭转坏死，如囊肿增大经常伴有腹痛，需手术切除。去专科医院就诊。
还是比较严重的，巧克力囊肿为子宫内膜异位症的一种表现形式，药物治疗效果较差，可考虑腹腔镜切除，因为是子宫内膜异位症的一种，就是在来月经的时候会有进行性加重的腹痛。
卵巢巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症可以考虑手术治疗。可以做腹腔镜下微创手术，如卵巢巧克力囊肿剔除手术、盆腔内子宫内膜异位病灶剔除手术或者电凝手术。
巧克力卵巢囊肿是属于子宫内膜异位症的一种。病人常表现为继发性进行性痛经，但也有一部分病人，平时无任何不适症状，于术中发现为巧克力囊肿。故病人的症状并非千篇一律，临床上需根据病人的症状。