如果胚胎停止发育两次，常跟以下因素有关系，夫妻双方染色体可能有异常，夫妻二人都做染色体的检查。跟胚胎的基因发育异常有关系，比如胚胎基因缺失，会引起胚胎停止发育的情况。因为孕妇本身患有某种严重的内科疾病，比如严重的肝、肾功能损害；凝血功能障碍。
胎停育一般是因为染色体异常引起的，也可能是母体子宫有畸形或是因为夫妻之间年纪比较大怀孕的。在怀孕之前或者怀孕初期有接触化学物质，放射线，有毒的物质等。怀孕期间少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，注意性生活卫生，注意个人卫生，勤换内裤，纯棉质地，开水烫洗，太阳暴晒。
胚胎停止发育是女性不孕症的常见因素。导致胚胎停止发育的原因比较多，有的是胚胎本身发育不好，自然死亡，有的是由于激素分泌不足难以支持胚胎发育而造成死亡，有的是宫腔畸型使胚胎无法生长，也有的是一些感染、免疫等方面的问题，这些疾病中包括糖尿病、甲亢等。怀孕四十天左右即可见胚囊、胚芽，通过B超可以清楚观察。
一般怀孕早期胚胎停育有两个原因，不是母体自身疾病的原因，就是由于激素不平太低，可能是由于体内激素太低，不能提供胚胎发育所需要的营养，造成了胚胎停育，一般是hcg水平太低或孕酮不足导致的，这两个是临床上多见的原因。
连续两次胚胎停育存在再次怀孕的几率。连续两次胚胎停育临床上称为复发性流产，在第三次备孕时，夫妻双方已经去医院进行全面的身体检查。如果孕妇患有高血压、慢性消耗性疾病，需要积极的进行治疗，如果是男性染色体异常导致，如抽烟、喝酒，需要积极的进行戒烟戒酒，否则再次怀孕也会出现胚胎停育的情况。女性在怀孕期间，应该避免接触化学物质以及高温、高噪音的环境，以免对胚胎造成影响。
原体感染，具有传染性，支原体属病原体，支原体属中又以解脲支原体和人支原体最常见；可引起女性宫颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎、怀孕有引起，胚胎停育，导致胎儿畸形的可能性。