卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
畸胎瘤比较严重的。巧克力囊肿是子宫内膜异位症形成的，平时来月经的时候肚子会痛，畸胎瘤起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势。不管是哪个疾病，在发现了之后一定要即使的治疗。
畸胎瘤不是卵巢囊肿，卵巢囊肿是卵巢上有椭圆形或者是圆形的囊泡，而且囊肿内是均匀一致的液性暗区，没有其他任何异常的物质出现，而畸胎瘤是囊肿内有各种各样的组织出现，包括牙齿，头发以及脂肪组织等。而且畸胎瘤有良性的成熟畸胎瘤和恶性的未成熟畸胎瘤区别，而卵巢囊肿通常都是良性病变，基本没有恶性。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
首先畸胎瘤是肿瘤，是恶性的肿瘤。而巧克力囊肿是有良性的。去正规专科医院或正规医院专科诊断做个四维彩超，详细检查，对症治疗，遵医嘱，仔细配合医生治疗。平时多休息，锻炼身体，提高免疫力。不要乱用药。