怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
一般情况下，卵巢囊肿的患者怀孕了，必须要检测囊肿有多大。如果卵巢囊肿在两三公分，并且生长比较缓慢，可以先不必担心，可以继续妊娠。如果卵巢囊肿超过五公分，可以考虑在医生的指导下进行手术切除。现在用微创手术，病人损失也比较小，囊肿摘除以后不影响胎儿生长发育。怀孕以后雌激素水平的刺激下，有的卵巢囊肿可能增长速度比较快，要密切观察囊肿的变化，患者要防止囊肿影响分娩，以免导致卵巢囊肿蒂扭转出现急腹症。
卵巢囊肿中医认为主要是由于气血亏虚，湿热邪气结聚所致，一般药物很难治疗好。孕期一般不治疗卵巢囊肿，大多是生理性的黄体囊肿，没有不适不需要处理的。怀孕期有卵巢囊肿不影响胎儿的发育，是需要定期复查的，目前是不需要治疗的。
怀孕了有卵巢囊，直径大于8厘米的囊肿，要做手术治疗，术后要注意休息和保胎治疗。直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
发现卵巢囊肿后怀孕，可以暂不给于治疗，需观察至孕12周，由于怀孕之后也可以合并黄体囊肿，而黄体囊肿会随着妊娠的继续自行缩小甚至消失。如果合并出血、蒂扭转、破裂或怀疑为恶性，不论在妊娠的任何时期都应积极进行手术治疗，以免延误病情。
妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。