巧克力囊肿的治疗有保守治疗和治疗性治疗，保守治疗也就是药物治疗，治疗方法不是理想的治疗方法，服药以后囊肿会变小，但是停药后就很容易出现复发。对于小的巧克力囊肿或者有生育要求的病患可以先采取药物治疗，待生过孩子后再观察是否需要进行治疗性手术。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术的方式治疗，因为手术的方式治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术之后妊娠率能够得以提高。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而导致形成的，一般卵巢巧克力囊肿会引起进行性的痛经，同时可能影响怀孕甚至导致不孕，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，又没有明显严重痛经的时候，可以考虑采用短效避孕药来进行调理治疗，如果是卵巢巧克力囊肿大于五厘米，我们通常建议直接行腹腔镜手术切除囊肿才行。
卵巢巧克力囊肿是对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失，而对于较大的则以手术治疗为先，做输卵管和卵巢功能以及B超的检查，明确不孕病因后治疗。手术后至少半年再怀孕。