输卵管堵塞的病因有很多种，如盆腔的炎症、妇科的炎症等，炎症会造成输卵管粘膜的损伤，从而形成疤痕，从而引起输卵管的狭窄，或者引起梗阻。此外，经期残留的一些物质，比如从子宫里脱落下来的内膜，就会流入输卵管，造成阻塞，甚至是剖宫产后，如果宫腔内的淤血不能及时排出，就会进入输卵管，造成输卵管阻塞。如果是先天性的输卵管狭窄，那么随着时间的推移，输卵管本身就会出现内膜脱落，从而造成输卵管的阻塞。
输卵管堵塞，双侧输卵管积水，通常是输卵管炎症引起的。输卵管炎没有得到及时治疗，长时间炎症刺激就有可能会引起输卵管堵塞和输卵管积水的。输卵管堵塞和输卵管积水通常需要做腹腔镜手术治疗，同时还需要用消炎的药物来治疗输卵管炎。
感染大多数输卵管疾病继发于感染，尤其是盆腔炎症性疾病（PID）。感染的其他可能原因包括阑尾穿孔、流产后感染或手术后并发症，如子宫内膜异位症和外科手术造成的炎症状态，由于粘连可导致输卵管的闭塞。
双侧输卵管堵塞的原因主要有：输卵管炎症或盆腔腹膜炎症：炎症可以导致输卵管粘膜受到破坏而形成瘢痕，导致出现管腔狭窄、堵塞。子宫内膜异位：由于子宫内膜异位症能够导致输卵管发生周围粘连，而致使输卵管扭曲、伞端闭锁，最终造成输卵管狭窄、堵塞。妇科疾病：致病菌如葡萄球菌、链球菌等，借由阴道、子宫颈以及子宫将疾病感染蔓延到输卵管、盆腔，导致盆腔腹膜炎而致双侧输卵管堵塞。
有可能是妇科炎症引起的，而导致输卵管堵塞的，因为输卵管堵塞多数是慢性盆腔炎导致的，如果没有结核病的情况考虑输卵管堵塞的几率不大，可以在月经干净后的3到7天到当地正规医院行输卵管造影检查，了解输卵管的通畅情况。
由于人工流产后会导致出现急性盆腔炎、输卵管炎症，而引发输卵管的双侧堵塞。输卵管炎症或盆腔腹膜炎症：炎症可以导致输卵管粘膜受到破坏而形成瘢痕，导致出现管腔狭窄、堵塞。