卵巢巧克力囊肿是指子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，这种疾病一般会影响到输卵管的功能，主要是由于大部分输卵管有粘连，从而影响到怀孕。因此手术后对怀孕是有帮助的，一般在术后半年可备孕。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力。手术之后两个多月就可以，平时日常生活中要注意劳逸结合，适当运动，多吃水果。
巧克力囊肿是可以怀孕的，但是有巧克力囊肿一般怀不上。要是有巧克力囊肿单侧，可以通过正常的那侧去备孕要孩子。如果巧克力囊肿双侧都有，是怀不上孩子的。因为有巧克力囊肿存在，影响排卵导致不排卵，所以巧克力囊肿影响生育。有巧克力囊肿，必须手术把囊肿拿掉以后卵巢恢复功能正常。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。