根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。药物治疗，也就是激素疗法，通过药理刺激体内激素分泌，因为异位内膜对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗，主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。
保留生育功能手术：切净或破坏所有可见的异位内膜病灶、分离粘连、恢复正常的解剖结构，但保留子宫、一侧或双侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者。根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。
一般情况下，子宫内膜异位的处理方式如下：
1、妊娠分娩是最好的治疗手段，在怀孕和哺乳期间可以起到压制作用，防止内异症，压制病灶，使病灶萎缩、吸收；
2、如果患者无痛经、短期内无生育要求、盆腔B超无包块等症状，可以进行常规的随访，一般是半年或一年一次的妇科或B超；
3、对于疼痛明显、B超包块大、有生育需求但又不能怀孕的患者，应采取外科、探查、术后用药等措施。
根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。保留生育功能手术：切净或破坏所有可见的异位内膜病灶、分离粘连、恢复正常的解剖结构，但保留子宫、一侧或双侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者。
子宫内膜异位症最常见的表现是出现痛经，并逐步加剧。可以发生在月经前，月经时及月经后。开始阶段能够忍受，数月或年后有的痛经加剧需要止痛剂，严重阶段疼痛难忍，止痛剂加量甚至无效。疼痛由于子宫内膜异位症内部出血刺激局部组织炎性反应引起。
子宫内膜异位症的治疗方法有以下两种。
1、药物治疗：患者可以选择西医治疗和中医治疗。西医主要有丹那唑，内美通，亮丙瑞林等两种药物；中医以疏肝解郁、活血温经为主要手段，按中医证候、辨证施治、分症施治；
2、对于大面积的巧克力囊肿，可以通过手术治疗。
需要注意的是，子宫内膜异位症的具体治疗方法，要根据医生的建议和实际情况来确定。