就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物。人工闭经的同时会引起出现骨质疏松，潮热、盗汗等激素水平下降而引起的为绝经期症状和心血管症状。所以在临床当中想要预防巧克力囊肿复发是非常困难的。
采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
巧克力囊肿是女性才会有的疾病，是由于子宫内膜异位症而引起的。有巧克力囊肿的人群对于怀孕是有很大影响的，而且巧克力囊肿并不是多久会长大而是随时都在生长，而且生长的速度是非常快的，需要及时治疗，一般可以通过手术切除来进行治疗。
巧克力囊肿可能会长大。囊肿是会长大的。囊肿是一种良性的疾病，一般多发生在肝脏和肾脏的实质内，囊肿有囊肿壁，能够分泌囊液，所以时间长了以后，囊肿的体积可能会慢慢的增大。小的囊肿可以进行随诊，也就是进行观察。