如果手术较为彻底，又没有诱发因素，是可以除根的。但早期卵巢囊肿不是必须采取手术治疗的，如果囊肿小于5cm，可以口服药物保守治疗，如果囊肿超过5cm或是保守治疗没有效果，才考虑通过手术治疗。
卵巢囊肿有复发的可能性，但是如果手术较为彻底，又没有诱发因素，一般不会复发，一定要做好术后复检工作，保持情绪稳定，以及充足的睡眠质量，身体调养好，复发的机率就低。
卵巢囊肿在初期不要吃有剌激性的食品，发的食品也不要吃(如猪蹄等下奶的东西)，不增大是没有影响，增大就有事了，每周去医院检查时都要检查一下，如果有事可以及时处理。
如果是单纯的卵巢囊肿，小于四厘米的，可以不用治疗，机体能够自己吸收。如果是大于四厘米或者为巧克力囊肿，可以考虑手术或者介入治疗。一般手术治疗可以剥除囊壁，介入疗法创伤小，但是有一定的复发率。目前病患不用太担心，调整好心情，生活规律一些，增强营养。
卵巢囊肿的保守手术治疗包括开腹手术和腹腔镜下手术两种，可以根据自身的条件选择。保守治疗的手术范围包括分离可能存在的盆腔粘连，切除盆腔部位的病灶，利用子宫悬吊术将卵巢内膜的囊肿剥出，保守手术治疗可以保留卵巢，对生育功能的影响较少。
