巧克力囊肿的治疗方法一般会根据年龄，生育要求和包块的大小及性质来决定的，尽快去医院根据病情进行手术治疗，如果囊肿的尺寸比较小，可以药物活血化瘀治疗，如果囊肿的尺寸比较大，可以通过腹腔镜下进行手术处理。
巧克力囊肿6cm怀孕了，要定期复查B超，正常巧克力囊肿的大小会保持不变，甚至是萎缩。但是如果在定期监测B超的过程中，发现巧克力囊肿是逐渐增大，或者是短时间内增大非常快速。不管怀孕的好不好，都需要进行剖腹探查，也就是要将囊肿摘除同时送病理化验，以排除是否有恶变。
需要挂妇科。巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，平常注意一下饮食，多吃些水果蔬菜，注意多休息，不熬夜，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，加强营养，观察平时的月经情况。
要注意劳逸结合，不要过度劳累，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观开朗的心情，和平和的心态，增强机体的免疫力，平时注意保暖避免感冒受寒。加强体育锻炼，增强体质，多在阳光下运动，多出汗可将体内酸性物质。有辅助恢复的作用。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。