需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
巧克力囊肿的治疗原则是永远不会打破囊肿，超声引导下细针穿刺介入治疗是一种理想的方法治疗巧克力囊肿，囊性液体，排水注射硬化性药物，可以杀死所有的异位子宫内膜组织，囊性液体不流动，不会导致复发，不损伤卵巢。
得了巧克力囊肿，有痛经、性交痛、经血改变和不育等麻烦。通常在月经初潮后的几年内，月经是正常的，数年以后则出现逐渐加剧的痛经。囊肿破裂时，可有剧烈的刀割样下腹痛，甚至昏厥。可以去专业正规的医院进行检查和治疗。家禽家畜、蛋乳、鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好；田螺、蛤蚌、蟹、鳖偏凉食，宜少食。
典型的症状就是下腹痛和痛经，尤其是在月经期间疼痛得更厉害，典型的症状就是继发性的痛经进行性加重。不孕，会改变体内的微环境，导致不孕症的发生。性交的不适，往往是因为性交时碰撞或者子宫收缩上提引起疼痛，一般是深部的性交痛。
卵巢巧克力囊肿目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。