在治疗上要辨证施治。多种药物及手术达到很高疗效，不破坏卵巢功能，而放射治疗子宫内膜异位症的作用，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。放射线对异位的内膜破坏作用并不明显，但对既不能耐受激素治疗又因病灶位于肠道、泌尿道及广泛盆腔粘连，尤其是合并心、肺或肾等严重疾病，破坏卵巢功能，达到治疗目。
子宫内膜异位症，是指子宫内膜异位到子宫腔以外的位置，一般会有逐渐加重的痛经，和月经量增多。可以通过活血化瘀，调畅气机的中药进行调理，具体治疗方案，需要医生切脉诊治。
活血通腑法具有改变血液流变学。改善全身和局部血液循环、降低血浆前列腺素含量和抑制异位内膜生长等作用。故运用此法治疗子宫内膜异位症确具良好效果。平时需要注意休息，避免劳累熬夜，适量锻炼，加强营养，增强体质。
子宫内膜异位症西医治疗方法有手术和药物两种：药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法。手术治疗。用中医的辨证施治方法，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。
子宫内膜异位食疗在日常生活种可以多吃含n-3脂肪酸的鱼类，而且有些深海鱼含有11-3脂肪酸，也可以多吃雪菜，这些食物的物质能够有效的抑制前列腺素的产生，是一种天然的抗前列腺素的食物，吃起来更有益。
治疗方法分药物和手术治疗，效果较好的就是手术，分为保留生育功能手术和保留卵巢功能的手术。仅切除内膜异位病灶，保留卵巢和子宫。适用于年轻、想保存生育机能者。严重会切除的子宫附件和病灶，这样就会导致彻底失去生育能力。