囊肿的大小，症状，是否有生育要求来决定治疗方案。对于巧克力囊肿小于3cm的病人，可进行期待治疗。如果体积大于3cm的巧克力囊肿，合并不孕，可采取手术治疗，剔除囊肿。术后联合药物治疗预防复发，改善不孕。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿要手术治疗。巧克力囊肿地看看大小，如果巧克力囊肿特别大，并且症状很明显，短时间内未曾生育，必须马上手术，因为巧克力囊肿影响生育的。要是痛经不是很明显，短时间内没有生育要求，也可以用药物来治疗。巧克力囊肿最根本的治疗方法还是手术会更好一些。手术采用腹腔镜手术，效果很好。术后打针阻断内膜异位症的复发，阻断巧克力囊肿复发可以用一些药。所以，治疗巧克力囊肿的方法就是手术治疗。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。去专业正规的医院进行检查和治疗。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶，个人的卫生习惯也很重要，如，勤洗勤换，多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。