内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。还有因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾，就容易堆积在宫腔内，而不能经由阴道排出，长期这样，就有可能触发巧克力囊肿。
内分泌因素：内分泌失调对囊肿形成有重要影响。输卵管阻塞：输卵管发生气质型病变，发生堵塞现象，则排不出去的卵子堆积在卵巢内，就形成了巧克力囊肿。性生活频繁：性生活频繁也是导致卵巢巧克力囊肿的重要原因。流产过多。
患有巧克力囊肿是因为内分泌失调所致。卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。如果确诊了就应该及时治疗。
导致巧克力囊肿的原因有内分泌失调影响及多次分娩或流产，内分泌紊乱是导致巧克力囊肿最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄。多次分娩或流产会导致子宫内膜粘连，引起子宫内膜碎片排出不畅导致。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上，在卵巢的部位随着月经周期的改变也发生周期性的变化，久而久之就形成了一个囊肿，囊肿的内容物就是类似于月经颜色的陈旧性的血液，因此而得名为巧克力囊肿。所以在治疗上首选的应该是手术治疗，术后还要后续的应用相关的药物来预防巧克力囊肿的复发。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。