可以采用药物治疗，也可以采用手术治疗，或二者相结合，主要方向是针对疾病的特征，包括疼痛、病灶、不孕来给予适当的治疗。治疗子宫内膜异位症的目的就是为了缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗促进生育。
膀胱子宫内膜异位症主要表现为排尿困难以及周期性的尿路刺激症状，还有的表现为月经过多，痛经的症状。膀胱子宫内膜异位症的一般都是没有临床症状，诊断是大多都是偶然的。
膀胱子宫内膜异位症一般是由于手术或其它原因，使子宫内膜移行与膀胱粘膜处，异位的子宫黏膜出现分泌血的症状，常见的症状会有痛经、内分泌失调或者不孕等症状，可以去当地正规医院进行手术治疗，一般正规医院比较有保证，手术是不会有什么太大风险，另外手术过后应该注意饮食，不要吃辛辣食物，生冷食物也不要吃，注意休息。
子宫内膜异位症的确诊需要运用多种方法，首先是查体，查体可能会有一些表现，如卵巢的囊肿、子宫的增大或者子宫后壁有触动结节，查体可能会有一些表现，卵巢的囊肿、子宫的增大或者子宫后壁有触动结节；其次就是超声检查发现病灶。
子宫内膜异位症的确诊主要是根据病人的症状，在月经期的时候会出现明显的痛经症状，通过B超检查在附件区，尤其是卵巢上会发现有巧克力囊肿，可以确诊为子宫内膜异位症。如果是子宫腺肌症，会伴有月经量增多，并且有进行性加重的痛经，导致不孕不育。通过B超检查会发现，在子宫肌层会有多个囊性的暗区，结合临床病史可以诊断子宫腺肌症。
确诊子宫内膜异位症，首先要到妇产科做个面谈，看看有没有大姨妈的时候出现剧烈的腹部疼痛。另外，医生还可以用手摸骨盆来确定有没有不正常的包。之后还要进行妇科的超声波，主要是为了了解盆腔、子宫和卵巢有没有什么不正常的病变，有没有病变，要看有没有回声，还要进行腹腔镜的检查，因为这是一种有创的手术，一般都是前面的几个项目出现了问题，再进行最终的诊断。