卵巢发育不良的治疗有免疫治疗：查获明有抗体因素存在者可行免疫治疗。有肾上腺皮质功能低下者可用皮质醇治疗，注射免疫疫苗已经成为一种较可靠的治疗手段。手术治疗：对于因卵巢血管因素导致卵巢营养缺失而发生的卵巢早衰（POF）者应早诊断，早治疗，在卵巢功能丧失殆尽前尽早进行血管搭桥手术，如将卵巢动脉与肠系膜下动脉或肾动脉等吻合，恢复卵巢血管供应，使卵巢再现生机。
卵巢发育不全可以通过其雄激素和雌激素作用刺激GH的产生和分泌，进而通过IGF-I作用于骨而发挥其促生长作用其作用机制尚需进一步的研究由于口服方便是一种有希望的治疗方法由于例数少，尚需继续观察。
仙灵脾各，羊肉，盐、食油、味精各少许。将羊肉切片，放砂锅内加清水适量，再将用纱布包裹的、仙灵脾、放入锅内，文火煮羊肉至熟烂，入佐料即成，食肉喝汤。这种卵巢保养食疗方法具有滋肾的功效。
可以使用雌激素、孕激素做替代疗法。另外还可以使用中医的辩证论法进行治疗。去正规医院进行彻底的检查，根据结果选择最合适的治疗方法，平时要减轻压力，加强营养多运动。
卵巢发育不全主要是由于女性先天不足造成的，可以通过日常的调理，每天多喝牛奶，多吃鱼、虾、豆类、蛋类，这些食物当中富含植物性的雌激素，有助于改善因为体内雌激素水平不足对身体造成的影响。可以去医院做全面检查，在医生的知道下服用补养肝肾、滋养气血的药。
要在医生指导下，根据自身体内的激素水平，适量服用雌激素，服药后三个月要监测一次，有助于防治卵巢功能的衰退。可以每天喝牛奶，多吃鱼、虾、豆类、蛋类，这些食物富含植物性雌激素，有助于改善因体内雌激素分泌不足对身体造成的影响。