巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
如果不I治疗，那么输卵管出现堵塞，卵巢囊肿会影响卵巢的正常功能，不能正常的进行排卵，同时体内激素水平也会失衡，破坏卵巢大部分组织，诱发输卵管堵塞。还会引起内分泌紊乱，卵巢器官在女性身体中是很重要的，一旦病变，就会使其临近的器官出现感染，破坏整个机体内部的循环。导致内分泌系统失调。
正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
巧克力囊肿会对孕育产生很大的影响，要到医院进行检查和治疗。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。这种症状是要进行治疗的。
会一直存在。巧克力囊肿虽然是良性的疾病很少发生恶变。但是却有增生、破裂、浸润、转移及复发等恶性行为。当巧克力囊肿没有得到一定的治疗发生越来越大的情况下很容易出现巧克力囊肿破裂的情况，如果巧克力囊肿出现了破裂严重的时候有可能会导致致命。因为巧克力囊肿的囊液有很大的侵蚀性。
巧克力囊肿不治疗会严重。临床上，巧克力囊肿以良性居多，很少会病变。早期巧克力囊肿无明显症状，要是不重视巧克力囊肿治疗，病情的发展，是会引发痛经、不孕等各种痛苦，同时也会增加治疗的难度，一定要做到早期控制。