目前治疗多囊卵巢比较好的治疗方法是使用微创手术治疗法，比如双侧卵巢楔形切除术、腹腔镜下卵巢电灼或激光打孔治疗、经阴道水腹腔镜等，手术治疗方法效果比较好，而且创伤比较小，对后期的再次怀孕没有副作用。
肥胖改变生活方式，避免进食肥肉、糖类等，控制体重，纠正其代谢障碍；瘦弱多存在胰岛素抵抗，建议服用药物，减轻胰岛素抵抗；无生育要求的，治疗以控制月经周期在40天内为主。
少女多囊卵巢目前是不能根治的。因为多囊卵巢的原因目前没有确诊，考虑可能和遗传因素和环境因素相互作用导致。可以通过减肥并控制饮食，改变饮食结构来进行调理治疗。
普通治疗。普通治疗是对多囊卵巢综合症肥胖的，多体育锻炼，以及减少饮食，同时减少对高脂肪和高糖等类型的食物摄取量，降低自身体重，缓解不排卵。保守治疗。保守治疗适合症状比较轻的，通常治疗时间在3至6个月，如果在治疗后没有明显的好转，就应该立即停止保守治疗。微创手术治疗。如果多囊卵巢时病情比较严重，应手术治疗，微创手术治疗多囊卵巢综合症，解决排卵障碍。
多囊卵巢的治疗方法有药物治疗，已取代手术治疗作为一线治疗方法，治疗的目的主要与病人的生育要求相关。可以选择降低高雄激素血症的药物进行治疗，或者选择糖皮质激素治疗。