引起排卵障碍的原因如中枢神经系统性无排卵，下丘脑性无排卵，垂体性无排卵，卵巢性无排卵，多囊卵巢综合征，卵泡黄素化不破裂综合征，性腺以外的其它内分泌系统如甲状腺、肾上腺皮质功能失调和一些全身性疾病等，都是会影响卵巢功能的调节而导致排卵障碍。
排卵障碍的原因有：黄体机能不全，黄体是卵泡发育成熟后排出卵子转变而成，黄体不好通常是因为其前身“卵泡”也发育不好，卵泡育不好，一直到排卵前卵泡内颗粒细胞数量不够，均可造成不孕；卵巢功能障碍，卵泡发育到一定程度，如果缺少关键性的激素，就好象是排卵动作中临门一脚，所以无法排卵；全身性疾病导致排卵障碍，重度营养不良、过度肥胖或饮食中缺乏某些维生素，都会影响卵巢功能；重症糖尿病等也能影响卵巢功能导致不孕。
排卵障碍可能是系统性疾病引起的：严重营养不良、肥胖或饮食中缺乏某些维生素，可影响卵巢功能；内分泌和代谢疾病如甲状腺机能亢进或甲状腺功能减退、肾上腺皮质功能亢进或功能减退以及严重的糖尿病也会影响卵巢功能。中枢性疾病也会导致排卵障碍：下丘脑-垂体-卵巢轴功能障碍，引起月经紊乱，如月经无排卵、闭经。压力过大、焦虑等心理因素也会影响下丘脑-垂体-卵巢轴，抑制排卵。
引起排卵障碍的原因有中枢神经系统性无排卵、下丘脑性无排卵、垂体性无排卵、卵巢性无排卵、多囊卵巢综合征、卵泡黄素化不破裂综合征。其他方面原因，如甲状腺、肾上腺皮质功能失调、如重度营养不良等，也可能影响卵巢功能而导致排卵障碍。
导致排卵障碍的常见疾病包括垂体泌乳素瘤、高泌乳素血症和赫施综合征。排卵障碍也是卵巢早衰引起的原因之一。卵巢早衰，是指卵巢卵泡已被耗尽，无法促进排卵，卵泡发育，最终会出现女性无法妊娠。