治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
早期的巧克力囊肿一般采取保守的治疗，但是手术治疗能够达到治疗的目的，先试着保守治疗，看看病情能否控制，非常注意个人卫生，月经期间防止经血逆流，慎服避孕药。建议中药调理一段时间，注意均衡营养，观察排卵情况再要孩子。
巧克力囊肿的手术费用在5千元-6千元，巧克力囊肿是妇科病中最复杂的病，是患病女性挥之不去的梦魇，是最不易治疗的良性肿瘤。到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想，而手术又不适合想要生小孩的女性，这么棘手的疾病却拥有一个很讨巧的名字：巧克力囊肿。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，只不过子宫内膜在卵巢内增生形成了囊肿。热潮巧克力囊肿长到一定程度取消做手术治疗的没有其他的办法，也可以进行药物性闭经长月经到来卵巢囊肿可能就缩小。
典型的症状就是下腹痛和痛经，尤其是在月经期间疼痛得更厉害，典型的症状就是继发性的痛经进行性加重。不孕，会改变体内的微环境，导致不孕症的发生。性交的不适，往往是因为性交时碰撞或者子宫收缩上提引起疼痛，一般是深部的性交痛。
巧克力囊肿的治疗原则是永远不会打破囊肿，超声引导下细针穿刺介入治疗是一种理想的方法治疗巧克力囊肿，囊性液体，排水注射硬化性药物，可以杀死所有的异位子宫内膜组织，囊性液体不流动，不会导致复发，不损伤卵巢。