巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗，应根据病人年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。有生育要求的轻度囊肿明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。
轻度巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。常见的有痛经、下腹痛、经期发热，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显，还会出现不孕及月经失调等症状。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
早期巧克力囊肿主要症状有性交疼痛，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的情况，其次有痛经的情况，80%的早期巧克力囊肿会有痛经的表现，医院妇科检查明确。
巧克力囊肿会出现性交痛，这是最明显的症状，而且常于月经前较为明显，也有少数女性会因巧克力囊肿而引发白带增多、色黄或是有异味，也可能回出现白带夹有血丝等症状，可能去正规的医院检查一下。
巧克力囊肿的表现是进行性加重的痛经，可以在经前、经期、或经后出现，月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵，分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育，腹痛，主要与囊肿破裂后出现。