手术是治疗卵巢囊肿的唯一办法。如果确定是良性、囊肿又很小，可以先观察，不做治疗。当良性囊肿很大、压迫周围组织，就应手术切除。如果确定囊肿是恶性的，就应及早手术治疗，同时还应配合放射治疗及抗癌药物治疗。
卵巢囊肿的治疗方式与病患的年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及病患的主观愿望等因素都有关。治疗卵巢囊肿以手术治疗为主，可以给予腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。
建议首先切除囊肿在考虑怀孕，囊肿有可能影响怀孕，但部分也会怀孕，但怀孕后若囊肿继续长大，在怀孕期间手术对胎儿有可能有影响可以做微创的腹腔镜手术，痛苦小，恢复快，要注意休息，适当加强营养一般是可以怀孕的。
卵巢囊肿彩色B超、X线检查、腹腔镜等先进诊断技术对卵巢囊肿病变可以早期诊断。卵巢囊肿虽然容易恶变，但只要做到早检查、早发现、早治疗还是可以避免的。去当地正规的三甲医院都是可以得到很好的治疗的。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿用药物治疗的同时，一定要多注意生活有规律，不要熬夜，少吃辛辣刺激性食物，生活当中善于缓解压力，调整良好的心态，饭后失当的散步，可以控制体重。也可以让囊肿变小。