一是黄体功能不全，卵巢黄体发育不全时，孕酮含量相应降低。二是肾上腺、甲状腺功能严重失调也可影响卵巢功能，使排卵发生障碍，孕酮含量也会相应降低。三是身体出现胰岛素抵抗。
女性多囊卵巢治疗后，怀孕期间孕酮低是比较常见的，但是只要没有其他的不适症状以及异常分泌物，就没有问题，平时可以服用黄体酮进行保胎，一般需要保胎至怀孕三个月以后。
轻微的多囊卵巢或者偶尔排卵的情况下有了性生活，是能够自然怀孕的。多囊卵巢是女性常见的妇科内分泌疾病，其中一个很重要的影响会引起排卵障碍，所以多囊卵巢是常见的引起不孕的因素。但是并不意味着多囊卵巢无法自然怀孕，多囊卵巢只是提示女性受孕的概率比较低。多囊卵巢自然怀孕一定要与多囊卵巢所引起的月经推迟相鉴别，避免造成怀孕的漏诊。多囊卵巢怀孕以后一定要注意早期观察，定期孕检，观察胎儿的生长发育情况，避免发生早孕流产。
多囊卵巢综合征本身就容易出现先兆流产，而且现在孕酮又低，所以流产的几率是非常大的，要密切监测体内hcg和孕酮的数值，绝对卧床休息，口服保胎药物等过了3个月就相对安全了。
多囊卵巢会影响孕酮，多囊卵巢的情况是由于激素水平的不平衡，可能会出现孕酮值偏低或是偏高的情况。怀孕孕酮低的情况易发生自然流产，为有效预防自然流产的发生，在孕酮低的情况下要及早治疗。
如果说怀孕之后胎儿发育本身没有问题，只是黄体不足导致的，那么补充了黄体酮，胎儿正常就可以保住，所以目前也不能说胎儿是否可以保住，只能先用黄体酮，然后到期就复查。