卵巢巧克力囊肿有效治疗方法是腹腔镜剥除术。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受女性激素影响，每月脱落一次，形成月经。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，随着病情的发展，病人可能会出现痛经，持续性下腹疼痛，月经失调，不孕和性交痛等。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不及时治疗，囊肿会不断增大，威胁女性生育，甚至会导致女性不孕，所以积极治疗是关键。巧克力囊肿手术治疗效果比较好，一般治疗时间在月经干净后的3-7天，要做好术前准备，具体需要按照医生的指导来进行。
囊肿都是一个良性的疾病，一般不需要特殊的治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才建议手术治疗，手术可以采用微创手术，微创手术的治疗效果好，创伤小，恢复快等优点。
卵巢巧克力囊肿没有最佳的治疗方案，要病人具体状况来选择个性化的治疗，如果病人没有生育要求，症状比较轻微时，可以选择不进行任何的治疗，观察就可以。如果症状比较严重，则根据患者的需求选择手术或者是药物性闭经。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中草药调理，一般也没有什么特效药，有必要时可以考虑手术切除，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗。西成药物治疗复发几率高，可考虑中成医药物保守治疗。