卵巢子宫内膜异位囊肿治疗要根据年龄、症状、病变程度及对生育要求等情况予以综合考虑。分药物治疗和手术疗两种方法。手术治疗经腹腔镜或B超下卵巢囊肿穿刺抽液及无水酒精囊内注射术方法；经腹腔或腹腔镜行保留生育功能的手术包括卵巢囊肿剥离、成形术，卵巢切除术，病灶电灼术，粘连分解术等；保留卵巢功能的手术切除子宫及盆腔病灶，保留一侧或部分卵巢功能；也可以手术切除全子宫及双附件盆腔。
卵巢子宫内膜移位囊肿，可以结合临床症状对症治疗，可以在医生指导下配合活血化瘀药物治疗，可以去医院中医科进行辩证治疗。平时要注意个人卫生，养成良好的生活习惯，饮食行为很不要吃油腻食物和油炸食物，控制体重在正常范围，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。
子宫内膜异位症经血不畅，子宫内膜的碎片随着经血通过输卵管倒流到其他组织，内膜碎片虽然脱落没有丧失生命力，到达其他组织后就会象撒种子一样，同样受内分泌的控制，周期性的生长、脱落和出血，找不到流血的出路，在局部聚集。
子宫内膜异位症是否适合手术要看病灶的手术指证，年龄小一般复发几率比较高，尤其外在的病灶手术几率会更高些，如果病灶小那么可以保守治疗，一边治疗一边观察病灶吸收的状况。
忌羊肉、狗肉、韭菜、胡椒等温热动血食品。忌卵巢囊肿人忌葱、蒜、椒、桂皮等刺激性食品。忌卵巢囊肿人忌烟、酒。忌肥腻、油煎、霉变、腌制食品。带有刺激性的食物，还有海鲜类产品也是在这段时间里禁止食用的。
卵巢子宫内膜异位囊肿的恶变率很低，子宫内膜异位症的恶变类型以卵巢子宫内膜样癌、透明细胞癌的组织学类型为多见。恶变的发生机制尚未明了，与遗传等有关，其本质就是个分子事件，由其本身生物学特性决定。尚未发现卵巢子宫内膜异位囊肿的恶变与年龄有明显的相关性。任何年龄段都有卵巢子宫内膜异位囊肿恶变的报道。