下丘脑性闭经是由下丘脑各种功能和器质性疾病引起的闭经。此类闭经的表现是下丘脑合成和分泌促性腺激素释放激素缺陷或不足导致垂体促性腺激素，即卵泡刺激素和黄体生成素特别是LH的分泌功能低下，故属于低促性腺激素、低雌激素性闭经。
下丘脑闭经病人最初会出现闭经现象，属于继发性闭经，那么下丘脑闭经病人可以通过检测激素水平来选择合适的治疗方法。丘脑导致的闭经虽不是很好，但是病人的激素水平可以与中药人工周期和慢慢调节月经不调的现象，虽然治疗周期长，但更为保守的治疗方法，治疗一段时间后可以慢慢恢复正常月经。
可能是有关激素的合成及运输的障碍，又或者是激素脉冲释放异常，在一些因素下比如运动过量，精神压抑或者是神经性厌食，体重急剧下降等，都会导致垂体分泌的黄体生成素以及卵泡雌激素减少，有可能会影响到闭经的情况。还有就是慢性消耗性疾病也会影响到下丘脑的功能。
一旦患有下丘脑性闭经，一定要及时的治疗，目前治疗下丘脑性闭经主要的方法是，使用雌孕激素补充治疗。与精神的因素也有一定的关系，有的精神紧张，还有常常会有休息不好的情况，会引发下丘脑性闭经的，除此之外，还有肥胖，遗传的因素，不良的生活习惯，不良的饮食习惯，内分泌的因素等，都有可能引发下丘脑闭经的发生。
下丘脑垂体闭经就是指下丘脑分泌的促性腺激素释放激素减少，导致垂体分泌的促性腺激素减少，再作用于靶器官子宫及附件，出现闭经的症状。下丘脑垂体闭经应进一步查明病因，以便针对病因治疗。
下丘脑闭经是因为分泌促性腺激素的功能紊乱造成的。囊卵巢综合征是一种复杂的内分泌及代谢异常所引起的。一般通过性激素6项、B超等相关的检查，根据检查的结果就容易区别，单纯以症状就比较难以区别。