巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
穿刺治疗巧克力囊肿属于微创治疗，费用通常需要5千元。导致卵巢囊肿的因素有很多，月经期、宫内手术感染和下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常等都会导致卵巢囊肿。遵医嘱治疗，不要急躁。
穿刺治疗巧克力囊肿，属于微创治疗，费用通常需要几百到几千元，巧克力囊肿病情有轻有重，轻度的巧克力囊肿容易治，重度的巧克力囊肿难治，巧克力囊肿病情较轻，治疗容易，费用自然也就相对会低。
巧克力囊肿穿刺手术主要是在彩超引导下使用穿刺针经阴道后穹隆刺入巧克力囊肿内将液体吸出来。手术并不是很大，但是手术之后巧克力容易复发，而且容易造成巧克力囊肿在穿刺部位种植导致内异症的发生。
巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，如果行穿刺检查，通常需要在彩超定位下进行，这种操作加上材料费用，大概需要2千元-3千元，但是各地的医疗定价有所不同，有可能会有一点出入。不过，巧克力囊肿用穿刺是解决不了问题的，因为病灶还是存在的，还是需要手术切除。
巧克力囊肿穿刺抽液术后最少需要休息一个月的时间再同房，一周内适当卧床休息，禁盆浴及阴道冲洗，勤洗勤换内裤，不要劳累，保持外阴的清洁，多补充营养，保持好的情绪。治疗期间也是不要吃太刺激性的食物，不要着凉，注意保暖。