卵巢囊肿的分类比较多，原则上功能性的囊肿是不需要手术，有自行消褪的可能，如卵泡囊肿、黄体囊肿等，但非功能性的，如卵巢巧克力囊肿、卵巢囊性肿瘤只有通过手术才能治好。
现在临床针对此种疾病，多采取治疗，即直接手术治疗。根据目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。到正规医院系统治疗。
如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
要手术治疗，做腹腔镜手术将囊肿切除。有卵巢巧克力囊肿容易影响到卵巢的功能，影响月经，也可能会出现小腹疼痛的症状，这种肿瘤大多是一种良性肿瘤，但是很有可能会出现恶变，保持乐观，注意休息。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。