是会萎缩的。巧克力囊肿，绝经后受体内激素影响，子宫萎缩，巧克力囊肿也会随之萎缩，定期复查就可以了。精神放松，保持心情舒畅，不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，不要吃含激素的食物，可以用药物进行治疗，也可以配合中药，进行治疗。
闭经会可能会慢慢消失的，巧克力囊肿的形成主要是子宫内膜异位，来月经时异位的内膜也引起出血，出血多了就形成了囊肿。绝经后不再出血有可能被慢慢吸收，囊肿消失的。巧克力囊肿会引发痛经。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上的一种病变，渐进性痛是此病的主要症状之一。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
卵巢囊肿不会引起闭经。巧克力囊肿最明显的症状就是月经来的时候疼的厉害，月经期长，巢囊肿分为两种类型，生理性的卵巢囊肿和病理性的卵巢囊肿。因为每个月经周期，女性卵巢内卵泡都有一个卵泡逐渐的长大，长大成熟以后，这个卵泡就要破裂，破裂以后里边的卵子才能够排出来。生理性的囊肿是卵泡长大后，卵泡无法破裂，卵子无法排出，所以卵子无法与精子结合，不能受孕。但是卵泡内的颗粒细胞是会发生转变的。
确实和巧克力囊肿有关。巧克力囊肿是造成不孕的主要原因。吃药和手术均不是最理想的治疗方法，治疗巧囊比较好的方法是在超声引导下的细针穿刺中药硬化剂的方法，可避免囊液外流的问题，确保了不会复发。不手术，对卵巢功能不受任何影响，这种方法治疗后，不影响以后怀孕，是目前治疗巧囊的较好的方法。
巧克力囊肿手术后会复发，打针是为了巩固效果防止复发。如果不打闭经针，那么来月经的时候，那些不正常的内膜还是会继续生长。一旦需要怀孕，停止用药，月经会立刻恢复，不需要担心。