卵巢巧克力囊肿是对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失，而对于较大的则以手术治疗为先，做输卵管和卵巢功能以及B超的检查，明确不孕病因后治疗。手术后至少半年再怀孕。
发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术的方式治疗，因为手术的方式治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术之后妊娠率能够得以提高。
卵巢巧克力囊肿破裂应该立马进行手术切除囊肿，术中要吸尽囊液、清除囊内物、彻底的冲刷盆腹腔；出血过多的时候，要及时给补充血液，及时手术清除囊肿，保护好卵巢、保全子宫，避免将来发生不孕。囊肿手术后，对机体机能损伤很大，一定要注意调理。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
卵巢巧克力囊肿破裂后一定要及时进行治疗，一般有手术治疗和药物治疗。如果置之不理可产生严重影响，可影响月经或者生育。平时作息时间要规律，饮食上要注意清淡，不要吃辛辣刺激行的食物，注意外阴部位的卫生，勤换洗内裤，平时多注意休息。
要手术治疗，做腹腔镜手术将囊肿切除。有卵巢巧克力囊肿容易影响到卵巢的功能，影响月经，也可能会出现小腹疼痛的症状，这种肿瘤大多是一种良性肿瘤，但是很有可能会出现恶变，保持乐观，注意休息。