通常来说，无痛清宫的危害有出现过敏、子宫穿孔、生殖器感染、子宫内膜损伤、不孕不育等。
清宫是早期人工流产最常采用的方法，虽然不用开刀，但也是一种妇科手术，一定要严密消毒的情况下进行。手术分为二个步骤进行，第一步先把子宫颈扩张到足够大小，第二步是用刮匙伸到子宫腔内，把胚胎刮下来，而无痛清宫由于需要使用麻醉药，可能会导致过敏，还可能会引起子宫穿孔、生殖器感染、子宫内膜损伤、不孕不育等危害。
微管可视无痛人流危害是可能导致伤口感染。微管无痛人流集可视、微管、无痛三大技术于一身有效的避免了传统人流容易引起的子宫穿孔、清宫不全、继发性不孕、习惯性流产、人流综合症等妇科疾病，是至今为止最安全的一种无痛人流术。明显为女性减轻了痛苦，以及对宫颈组织、子宫内膜的损伤，提高手术的安全性，减少出血。同时手术时间短，恢复快，是目前安全的人工流产方法。但是如果术中操作不当，可能造成伤口感染。流产后由于子宫有新的创伤及阴道流血易发生逆行感染，因此止未净前禁止盆浴一个月内禁止性生活。要注意阴部卫生，如每日清洗外阴，但应注意不要让污水流入阴道。
药物对于婴儿的发育会造成伤害，影响到身体发育。无痛人流手术需要用到麻药，术后喂奶很可能导致孩子出现心功能或呼吸功能的抑制。如果对麻醉药物敏感的患者可出现全身发红，瘙痒，风团，呼吸抑制，心血管波动等过敏反应。容易出现呼吸抑制的现象。br>建议做完无痛人流手术的女性多休息，就不要想着给孩子喂奶了，同时需要保持心情愉快，不要吃或者触碰一些辛辣寒凉的食物，注意保暖。
无痛人流和普通的人流一样可能导致不孕不育。做无痛人流的时候打麻药，病人可以没有任何的感觉。在流产完以后病人才会清醒，但是手术方法和手术器械用的都是一样的，对子宫的伤害和对身体的伤害都很大。主要是人工流产后容易引起月经失调、子宫内膜的损伤、宫腔粘连，还有引起子宫内膜的炎症，这些原因都会导致以后不怀孕。建议如果没有生育要求，一定要做好避孕措施，避免流产后对身体的伤害。人流后要注意休息，注意保暖，还有注意营养物质的摄入。
无痛人流有可能引起女性月经不调甚至影响受孕。无痛人流相对来说还是损伤较小的，但只要是流产都会对身体造成一定损伤：做一次无痛人流的危害有：1、术中大出血。由于临床医师的失误，无痛人流手术过程中，造成宫颈撕裂，子宫穿孔等，甚至有可能危及生命。2、流产不净。由于人流手术方式的差异，很有可能导致子宫内胎囊没有完全吸净或者刮净。仍留下妊娠组织残留，导致阴道出血持续不净或有少量出血。3、术中术后发生感染。因为医疗器械和无痛人流手术室没有达到国家标准，很有可能在手术过程中造成感染。此外，术后不注意卫生，也大大提高了感染的几率。术后一个月内严格禁止性生活和盆浴，加强个人卫生护理，每天用温水清洗外阴，保持外阴干燥洁净。饮食上注意清淡营养，保持心情舒畅，注意定期复查。
无痛流产的危险主要有术中和长期的伤害。主要危害有出血、子宫穿孔、人流综合征、感染、宫颈裂伤、羊水栓塞等。以下是长期的合并症：
1、月经改变：外科治疗对子宫内膜有损伤，主要有月经量减少、闭经等。
2、宫腔内粘连：术后外伤和宫腔内的炎症导致宫腔内的粘连。
3、不孕：因流产而发生的感染，造成输卵管阻塞，宫腔粘连。造成不孕。
4、感染后遗症：腰痛，慢性腹痛等。