巧克力囊肿的症状有月经量增多、痛经、有血块。会出现经期下腹部疼痛且疼痛逐渐加剧。手术治疗是比较好的治疗方式，药物可以抑制病情，不能彻底的治好，对于巧克力囊肿，应该考虑手术，治疗时要谨遵医嘱，根据个人的身体情况，制定专门的治疗方案。
卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位症的一种，症状表现为，痛经、性生活时疼痛、突发性的剧烈腹痛，并往往伴有肌紧张、反跳痛等腹膜刺激症状。还有不怀孕及月经失调等症状。盆壁相粘连的囊性肿块，活动度差，往往有轻度触痛。
痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。还有不孕及月经失调。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿，是由于子宫内膜异位症波及卵巢在卵巢内形成含有巧克力样粘稠液体的囊肿，明显的症状就是痛经，而且进行性加重的，不孕以及月经失调。可以去医院做手术治疗。
巧克力囊肿在临床上很多都会导致进行性加重的痛经，并且在做妇科检查的时候会发现下腹部一侧有包块，B超检查会发现卵巢上的囊肿，并且有人会表现为性生活的时候下腹部疼痛。在日常生活中，也会出现下腹部隐痛的情况。在临床上还常常造成病人不孕不育的临床表现。
临床表现主要有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。