卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿术后是可以正常怀孕的。卵巢巧克力囊肿切除术后，应该定期进行超声检查，巧克力囊肿有复发的可能。一般三个月或是半年如果没有异常，就可以备孕的。手术可以采用微型电子腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，是治疗卵巢囊肿较好的技术。
囊肿是由于体内激素分泌旺盛造成的，如果怀孕后，激素分泌会更旺盛，囊肿长得会更快，这样会影响胎儿的发育。囊肿是长在卵巢上的，卵巢功能受影响，也不容易怀上，应采取手术治疗。
还是有怀孕的可能性的，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
可以，巧克力囊肿是由于有炎症的长期刺激和子宫内膜异位生长引起的。会随生理期周期性的脱落出血疼痛。主要临床表现就是引起月经量多，不规则出血，痛经等。有生育要求的可以保守治疗。症状严重者可以手术，囊液抽吸，性激素治疗等。
这种疾病会影响自己的生育功能，要先去医院做手术来治疗，药物治疗效果不是很明显，如果做完手术的话，需要修复半年左右的时间。平时一定要注意自己的个人卫生，饮食要多吃蔬菜水果，不要吃油性食物，每天要适当的坚持锻炼身体。