子宫内膜异位可采用保守性手术和半保守手术治疗：前者切除病变组织，保留子宫卵巢，后者切除病变组织和子宫，保留卵巢，通过年龄和生育需求确定手术方式；也可将子宫卵巢同时切除。
子宫内膜异位症要抓住早期治疗，控制子宫内膜异位症发展，防治疗后复发。子宫内膜异位症的治疗方法很多，有手术治疗，西药及中药治疗。西药治疗子宫内膜异位症：多为以假孕疗法为基础。中医中药治疗子宫内膜异位症：具有缓解疼痛、调经助孕、改善症状等显着疗效，同时通过对内分泌、血液流变学、生殖、前列腺素合成于代谢及免疫等方面进行调节，改善生殖系统的功能，以达到提高受孕率的目的。
子宫内膜异位导致痛经：手术一段时间后痛经复发，此时应首选药物治疗，若药物治疗无效，且疼痛已经影响到日常生活及工作，需接受彻底性手术治疗；巧克力囊肿：腹腔镜手术后囊肿复发，需明确病人有无生育需求，若无生育需求，可定期观察；若存在生育需求，病人可采用试管婴儿助孕。
腹腔镜治疗自腹腔镜广泛应用于临床以来，对诊断和治疗子宫内膜异位症起到了积极作用。腹腔镜不仅可以发现早期疾病，还可在腔镜下治疗，即诊断和治疗同时进行，而且避免了开腹手术之弊，还可避免盲目用药延误病情。
子宫内膜异位到直肠上要根据是否有生育要求选择不同的药物进行周期治疗，对于直肠症状严重的直肠子宫内膜异位症病患，经药物等保守治疗无效时，行手术治疗十分必要。如果异位到直肠位置，直肠位置的子宫内膜，也受卵巢分泌功能影响，但脱落不出来，所以在直肠位置着床，一般会形成直肠子宫内膜移位症情况。