巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，正常的子宫内膜是生长在子宫腔内的，当卵巢的部位，有子宫内膜生长时，来月经的时候，也会有咖啡色的东西形成，由于不能够排出，所以继续在卵巢内就形成了卵巢囊肿，又叫巧克力囊肿，因颜色似咖啡色，所以又称巧克力囊肿。
预防巧克力囊肿要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。平时要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止做一些剧烈的体育运动及重体力劳动。
卵巢巧克力囊肿的发病主要原因与分娩，多次流产等有关，产后脱落的子宫内膜种植在宫颈、阴道、盆腔内，以及反复的人工流产术，通过负压吸引至盆腔内。另外，妇科的某些小手术，如输卵管通气或通水，宫颈电烫、冷冻等，都可能使月经期脱落的内膜在此种植，日后形成子宫内膜异位症。