巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其它部位形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血。如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大形成内含有陈旧性积血的囊肿。
巧克力囊肿手术后乳房痛可能是因为乳房因气滞血瘀导致的胀痛。饮食上需要注意多吃富含蛋白质、维生素的食物以外，还有其他的注意事项。月经期间的女性一定要杜绝性生活，要注意自身的保暖，避免感冒、受凉。
巧克力囊肿手术后有阴道出血的症状，应该属于正常现象。巧克力囊肿术后是会有一定的出血的情况，如果没有超过月经量的话，是无需进行过多的干预，如果出血量比较多，并且伴随着剧烈性的腹痛的话，就需要再次及时到医院进行就诊。术后应该多注意卧床休息，尽量不要干重活。等一个月以后去医院做一下复查，查一下恢复的情况。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表现，简单来说就是子宫内膜异位到卵巢上，每个月随着卵巢激素的周期性变化，局部出现出血，形成血肿，血肿内的血液经过吸收后，变得较为粘稠，成巧克力汁状。
生理性卵巢囊肿通常发生在排卵周期的育龄妇女，异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿.这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失.事实上，有些卵巢囊肿是生理性的，可自然消退，无需治疗，有些则是卵巢囊性肿瘤，应该手术切除。