原发性闭经是女性在14岁以上，无任何生理期和二次性征的发展，比如胸部的生长，外阴阴毛和腋毛的生长，体内的油脂增加等，如果是16岁以上，出现了二性征，没有来月经。
这是一种常见的先天缺陷或者是生殖系统的畸形，比如先天性的卵巢发育不全，大约有35%是原发性的闭经，而在这些先天性腺的发育不全中，有75%的人会有染色体异常。所以，在确诊为原发性闭经的年轻女性的同时，要进行染色体的核型检查，排除染色体异常导致的闭经。
人工流产不当。多次人工流产，或者刮宫过程中用力过猛或者操作不当都可能引起子宫内膜机械性损伤，子宫内膜失去正常的修复与增生能力，无法正常脱落，导致绝经现象产生。如果子宫内膜有大面积损伤可造成子宫前后壁粘连，有永久闭经的可能。
正常闭经，是女性正常的生理现象，生育功能逐渐下降，直至没有生育功能。闭经很多时候如果属于病理性疾病，极有可能会造成不孕，而只要孕龄区出现异常闭经状况，则会给生育方面带来一些影响，常见病因为如下：1、基础性疾病，包括消耗性疾病或某些内分泌腺，肾上腺或甲状腺，胰腺的功能障碍，均可引起闭经。2、生殖道不正常，发育不正常，如子宫颈，阴道，处女膜和阴唇有时可发生闭锁，可出现闭经。3、为生殖器官发育不完全或不健全，如卵巢或子宫功能不健全等，均可影响月经，若存在卵巢或子宫病变时，通常可影响妊娠。
闭经是由于某种原因导致月经暂时性的不来，大于六个月，或者是三个月经周期叫做闭经。通它是暂时性的，去除疾病的病因和诱因的话，就可以恢复。跟绝经是两回事，绝经是卵巢功能下降，而出现了月经永久性的不来，就是进入了更年期。
一般超过2个月没有月经来潮的，属于闭经，这是由于人子宫内膜不同程度的损伤，需经过一段时间修复的，继发闭经可因卵巢功能早衰、手术切除、放射治疗后以及卵巢男性化肿瘤等。后者可伴男性化特征，如多毛及阴蒂肥大等。
月经是受下丘脑一垂体一卵巢一子宫轴调节的，如果其中任何一个环节出现了问题，都会导致月经和排卵异常。想要正常的顺利怀孕，有正常的排卵才可以的，原发性闭经就很容易导致不排卵，顺利怀孕的可能性不大。