一般来说，顽固性霉菌性阴道炎，其治疗方法和单纯的霉菌性阴道炎是一个道理，主要是通过药物治疗来达到根治的目的。
顽固性霉菌性阴道炎是由假丝酵母菌感染所致，所以，必须要用到抗菌药物。首先，可以口服氟康唑，第二步是进行阴道局部涂药，常用咪康唑制剂、克霉唑制剂、制霉菌素栓等。同时，病人也要按照医生的指示用药，配合治疗，建立自信，才能更快的康复。
顽固性霉菌性阴道炎患者在临床实践中对医生及患者造成了极大的困扰，因此在治疗中必须注意以下几点才能达到根治：
1、是进行阴道分泌物训练，进行了霉菌+药物敏感试验培养，临床上以试验室检查结果为准，然后有针对性地使用药物，从而实现有效治疗。
2、对反复发作霉菌性阴道炎患者，然后，性伴侣还应同时进行用药治疗，从而避免了日常生活交叉感染并导致反复发作。
3、一些生活习惯需要改变，如患者衣裤，特别是内衣内裤，必须与健康人单独洗涤，并且袜子不可以和内裤放在一起清洗。
4、在家里不要把自己的房间弄得乱七八糟。
顽固性霉菌性阴道炎病人使用内服药物治疗的同时，还应该配合使用一些外洗和塞入阴道的药物治疗，而无论局部用药治疗还是通过全身用药治疗，都要适当延长治疗时间，待症状消失后坚持用药治疗一段时间，在下次结束后应该再次用药治疗一段时间，才能更好防止病情复发。
一般霉菌感染等会导致瘙痒，同时还是有易复发的，阴道分泌物多，可考虑阴道用药或者配合抗真菌的药物等，治疗期间是不能有性生活的，注意内裤暴晒或定期更换新，预防反复。
中医根治霉菌性阴道炎一般可采取阴道内用药、口服药物等方法。
在中医里，霉菌性阴道炎因湿热下注会增加阴道内的分泌物，从而造成细菌侵入，可以选用清热解毒、除湿、杀虫止痒等药物。可以阴道内用消糜栓、保妇康栓等药物。以及妇科千金片、妇炎康片、花红片等都是可以服用的。和西医的治疗方法差不多，都是在医生指导下按照疗程来服药，只不过这个周期比较慢，一般20多天。
霉菌性阴道炎是一种可以治愈的疾病。具体分析如下：
由于霉菌性阴道炎与阴道假丝念珠菌感染有一定的关系，因此可以选择克霉唑阴道栓进行治疗。局部用药无效，可以口服或静脉输液。在日常生活中要注意养成良好的生活作息，不要过于劳累，否则会导致机体免疫力下降，从而影响到霉菌性阴道炎的治疗。霉菌性阴道炎的严重程度和个人的体质不同，具体的治疗时间不能一概而论。