卵巢囊肿恶性治好率在早期较高，但早期发现困难，可通过妇科的组织活检检查出来。对于卵巢癌治疗有研究显示，卵巢癌病人如果能得到早期诊断，其存活率可能达90％左右，但如果发展到癌症晚期，存活率则只有百分之二十。
通常情况下，卵巢囊肿能治好。
卵巢囊肿一般为生理性，特点是单侧壁薄，如果直径小于8cm没有腹痛等不适症状，可以密切观察，一般2-3个月会自行消失。如果卵巢囊肿的直径大于8cm，或者持续性地长大，考虑卵巢肿瘤的可能性比较大，要进行手术治疗。手术有开腹手术和腹腔镜手术两种途径。卵巢囊肿的手术，需要根据患者的年龄、生育要求、对侧卵巢的情况来决定手术的范围。巨大的良性卵巢囊肿可以穿刺放液，待体积缩小以后把它取出，但穿刺前需要保护好切口周围的组织，以防囊液污染到其它地方，放液的速度也要缓慢，以避免腹压忽然之间降低。卵巢囊肿需要早期积极治疗，大多数都可以治好。
卵巢囊肿是可以治好的，但有复发的可能性，如果小于5厘米，考虑生理性囊肿，可以选择观察，如果大于6cm，应该考虑进行微创手术切除，同时配合中药调理，防止复发与转移的可能，期间加强营养，放松情绪，定期复查，避免熬夜。
彩超，子宫后位，正常大小，实质回声均匀，内膜厚0.8厘米，宫颈后壁见多个囊肿，较大0.6*0.5厘米，左卵巢内见4.4*3.7厘米囊肿，内见较多分隔及细点状回声，分隔上未见血流信号，右侧附件区未见明显占位性病变，子宫后方见深度1.0厘米液性暗区。CA125值为7.7，TCT检测正常，有霉菌性阴道炎，但提示可能HPV感染。
卵巢良性肿瘤一般病程长，生长慢，多为单侧，活动，囊性多见，表面光滑，无腹水，B超检查为液性暗区，边缘清晰。卵巢恶性肿瘤病程短，生长快，多为双侧，实性或囊实性，表面不光滑结节状，常有腹水，多为血性，可查到癌细胞，B超检查回声杂乱，边缘不清晰。
卵巢囊肿恶变的典型表现为原有的卵巢囊肿突然增大或突然出现腹水，病人本人出现乏力、消瘦等症状，此时需高度怀疑卵巢囊肿有恶变的可能。相比于其他系统的肿瘤，卵巢肿瘤不易被发现。