卵巢囊肿术后恢复时间与年龄、体质、囊肿严重程度等有关，囊肿手术属于破坏性手术，为完全切除，一般恢复相对较快。一般7天可出院。卵巢囊肿术后需进行适度活动，避免粘连。卵巢囊肿可进行腹腔镜微创手术，术后应用防止粘连的药物，利于术后康复。此外需注意补充营养，充分休息，勿食生冷食物，保持良好心情，定期复查。
卵巢囊肿术后3-4天就恢复的比较好了，就可以出院了。半个月以后就可以进行少量的运动，适当的做一些家务。3个月以内不要进行重体力劳动，术后注意保暖，尤其是经期要注意小腹保暖。
卵巢囊肿分和病理性，生理性的可随生理周期的变化可以自然消失。由于疾病生成的病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。有囊肿时先要检查确定为生理还是病理性，再做处理。病理性的卵巢囊肿做微创手术，术后两周就可以恢复了，若是做开腹手术，需要休息一个月才可以恢复。
卵巢囊肿的治疗时间要根据病情的严重性来定，长期的饮食结构，生活习惯不好等因素造成体质过度酸化，引起代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿。卵巢囊肿一般内科保守治疗是没有什么效果的，一般建议手术治疗。
需要一个月的时间去进行休息和调养，利用微创手术治疗也是同样如此，虽然微创手术治疗不需要开刀，但是仍然需要注意生活的调理，注意饮食的结构。一定要多加注意饮食，以清淡的食物为主，不要吃那些刺激性或油腻性的食物。
良性囊肿如滤泡囊肿在5厘米以下约5厘米。此时，应观察三个月。如果卵泡囊肿在约两个月内缩小或不增加，那么囊肿就会持续一段时间。将自行消失，不需要手术。但是，如果囊肿继续增大，则必须通过外科手术治疗。