在怀孕过程中，是不会影响的，可以先不用处理的。有双侧巧克力囊肿，是由于平时的饮食，还有激素紊乱引起的，可以到医院检查，要是激素水平不是很正常的情况，可以通过药物来调理。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
巧克力囊肿的病因是子宫内膜异位症。应该选用假孕的疗法，激素药物治疗或者是真正的怀一次孕是对这个病的治疗方法。现在刚刚发现怀孕本来就有巧克力囊肿，对于身体来讲是一个好事。
巧克力囊肿患者如果成功怀孕，一般不需要孕期特殊治疗。孕期b超检查时注意随访观察。随着孕周的增加，囊肿可能会逐渐缩小，甚至消失。如果巧克力囊肿较大，导致孕期腹痛或阴道出血，可以及时去医院检查。
巧克力囊肿是由子宫内膜异位症引起的，通常会引起痛经、月经紊乱和不孕。巧克力囊肿发病率高。对于症状较轻有生育要求的患者，可以明确诊断后再进行药物治疗。重疾者，可保留生育功能手术。
巧克力囊肿6cm怀孕了，要定期复查B超，正常巧克力囊肿的大小会保持不变，甚至是萎缩。但是如果在定期监测B超的过程中，发现巧克力囊肿是逐渐增大，或者是短时间内增大非常快速。不管怀孕的好不好，都需要进行剖腹探查，也就是要将囊肿摘除同时送病理化验，以排除是否有恶变。